Vấn đề về tương thích là một nguyên nhân giúp trình duyệt có phổ biến hay không. Các trang web thường chỉ được kiểm thử với trình duyệt Internet Explorer sẽ hiển thị không đúng với trình duyệt khác.

Thường các trang web thống kê trình duyệt trên thế giới sẽ dò xem người sử dụng đang sử dụng trình duyệt nào, Opera cho phép người dùng thay đổi thông tin mà trình duyệt gửi đến trang thống kê. Trong các phiên bản cũ, Opera thường khoác một áo choàng giả dạng trình duyệt Internet Explorer, nhưng vẫn có từ Opera trong thông tin về trình duyệt gửi đến trang web thống kê. Thông thường các trang web thống kê sẽ bỏ qua các thông tin khó hiểu, vì vậy Opera thường không có trong kết quả thống kê trình duyệt được sử dụng trên thế giới, trong các phiên bản mới của trình duyệt Opera, công ty Opera Software đã xây dựng một định danh thông tin riêng của trình duyệt.

Phiên bản mới nhất của Opera đề nghị một phương pháp nâng cao tấm áo choàng — tệp ua.ini. Tệp ua.ini không cho phép người dùng ghi bất cứ thông tin gì vào, nhưng tệp này có một phần định nghĩa trước bao gồm thông tin về trình duyệt Mozilla và Internet Explorer.

Opera phiên bản 8 giới thiệu tính năng dự phòng cao hơn trong vấn đề lỗi mã hóa. Khi trang web đang được mở mà bị đứt kết nối, Opera sẽ cung cấp một tập lệnh tự xử lý lỗi này và ghi đè lên trang web lỗi bằng trang web đã được xử lý lỗi. Tính năng này tương tự như UserJS trong trình duyệt Mozilla, cho phép người dùng chạy đoạn mã của họ vào các thời điểm khác nhau khi trang web được xử lý. Công nghệ này cho phép các trang phổ biến không tương thích với Opera có thể hiển thị đúng trên Opera.[53]

Opera tự cập nhật BrowserJS và ua.ini.

Thư điện tử

Trong một thời gian dài người dùng không thể đổ rác của hòm thư Hotmail, do lỗi phía máy chủ trong việc xác định trình duyệt.[54] Với các phiên bản hiện tại Opera giới thiệu tính năng ua.ini để các trang web có nhu cầu định danh trình duyệt có thể phân biệt giữa nó và trình duyệt khác.

Khi Google phát hành Gmail vào tháng 4 năm 2004, Opera không hỗ trợ Gmail. Do Gmail sử dụng giao thức XMLHttpRequest, một giao thức chưa chuẩn hóa và các trình duyệt như Internet Explorer, Firefox và Safari không hiểu được chuẩn này. Ngày 18 tháng 4 năm 2005, Opera phiên bản 8 phát hành hỗ trợ hoàn toàn Gmail. Tuy nhiên vẫn có một số vấn đề giữa Opera và Gmail, ví dụ khi rich-text editor được xây dựng trong một form mới định nghĩa thì ô rich-text editor không thể sử dụng trong trình duyệt Opera, phiên bản Opera 9 preview 2 sử dụng được nhưng vẫn còn một vài lỗi.[55]

Có rất nhiều vấn đề với Yahoo! Mail, đầu tiên là đứt liên kết của nút Move (nguyên nhân do định danh trình duyệt). Sau khi Yahoo! Mail nâng cấp giao diện mới, vấn đề này không còn nữa, nhưng nút Move có vẻ lớn hơn so với các trình duyệt khác. Do Yahoo! cũng sử dụng ô văn bản rich text, vì vậy Opera cũng bị lỗi trang Yahoo! tương tự như lỗi trang Gmail.

MSN

Trang MSN của Microsoft cũng bị một vài lỗi trên trình duyệt Opera:

Năm 2001, trang MSN thay đổi sau khi Windows XP và trình duyệt Internet Explorer 6 ra đời, việc thay đổi của MSN nhằm ngăn chặn các trình duyệt khác như Opera và Mozilla. Người dùng Windows được khuyến khích nâng cấp trình duyệt lên Intenet Explorer 6 để hiển thị trang MSN tốt hơn và tránh lỗi. Khi được hỏi là tại sao ngăn chặn Opera, Microsoft trả lời do Opera chưa hỗ trợ chuẩn XHTML mới nhất. Đáp lại Opera trả lời rằng trình duyệt của họ đã hỗ trợ chuẩn XHTML, và dưới sự tranh luận gay gắt Microsoft phải để MSN có thể truy cập bởi tất cả các trình duyệt.[56][57]

Tháng 2 năm 2006, Công ty Opera Software khám phá ra rằng máy chủ của trang web MSN đã gửi thông tin hiển thị trang web cho người dùng Opera khác với thông tin nó gửi cho người dùng Internet Explorer. Hai trình duyệt phổ biến nhất lúc bấy giờ là Internet Explorer và Netscape đều phù hợp với thông tin hiển thị này. Nhưng trình duyệt Opera được trang web MSN phục vụ thông tin hiển thị theo phương thức của các bản Netscape cũ và Opera sử dụng phương thức giải mã khác Internet Explorer nên trang web MSN hiển thị không đúng.

Đoạn mã mà công ty Opera Software tố cáo máy chủ của trang web MSN cung cấp dẫn đến lỗi hiển thị như sau:

ul {list-style-position: outside; margin: -2px 0px 0px -30px;}[58][59]

Việc kiểm thử cho thấy khi trang web MSN phát hiện trình duyệt đang yêu cầu thông tin từ nó là trình duyệt Opera, nó sẽ gửi thông tin hiển thị cho trình duyệt Opera theo một chuẩn cũ đã lỗi thời. Nếu người dùng sử dụng user agent như oprah thì trang web MSN hiển thị tốt. Opera tố cáo đây là hành động có chủ ý nhằm làm mất uy tín của trình duyệt Opera. Microsoft bác bỏ lời cáo buộc này và cho rằng đây là lỗi lập trình và sửa lỗi này ngay sau đó.

Bất chấp lời bào chữa của Microsoft, Opera làm công khai chuyện Microsoft này bằng cách tạo ra một phiên bản trình duyệt có tên là Bork, cắt xén một đoạn nội dung trang web www.msn.com vào bài phát biểu của Swedish Chef. Opera giải thích rằng đây là một trò đùa cho thấy sự dễ dàng của việc thay đổi trang web nếu muốn. Trong phiên bản press-release họ lặp lại câu thần chú trang web có thể mở bởi tất cả trình duyệt.[60]

Một sự việc bất ngờ xảy ra vào tháng 5 năm 2003, khi máy chủ của trang web MSN thông báo lỗi server error khi người dùng thay đổi lựa chọn ngôn ngữ ưa thích của họ. Mặc dù lỗi này cũng ảnh hưởng đến người dùng Internet Explorer, nhưng do trình duyệt Opera giúp người dùng thay đổi ngôn ngữ dễ dàng hơn nên người sử dụng Opera nhận được thông báo lỗi này nhiều hơn. Bộ phận hỗ trợ của Opera lại tố cáo đây là sự cố gắng của Microsoft làm mất uy tín của họ.[61] Công ty Opera Software đã viện dẫn các trường hợp trên làm chứng cứ để kiện Microsoft vi phạm luật chống độc quyền.

Tháng 5 năm 2004, một người (hay công ty) (entity) không xác định trả cho công ty Opera Software 12,75 triệu đô la Mỹ. Opera CTO Håkon Wium Lie giải thích về sự kiện này là: "Resolved an issue close to his heart", nhưng không có một lời giải thích rõ ràng rằng ai (công ty nào) trả khoản tiền này cho công ty Opera Software, và tại sao lại phải trả. Rất nhiều người cho rằng đây là khoản tiền của Microsoft trả cho công ty Opera Software để tránh phải ra hầu tòa.[62]